[Pourvu] Offre de stage Master2 / fin d'étude école ingénieur 6 mois

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Caractérisation des communautés fongiques du bois d’une gamme de cépages de vigne en lien avec l’expression des symptômes foliaires

Contexte :

La vigne, Vitis vinifera L., présente une très grande diversité génétique, tant au niveau des porte-greffes que des cépages. Les cépages sont caractérisés par de très grandes différences de phénologie, de productivité, de composition du raisin à maturité, de tolérance à la sécheresse et de sensibilité aux maladies et ravageurs. Parmi les maladies qui affectent la vigne, les maladies du bois (Bertsch et al. 2013) sont particulièrement dommageables pour la profession vitivinicole. Ces maladies, notamment l’Esca, se caractérisent par l’apparition de nécroses dans le bois causés par l’infection par des agents pathogènes mais aussi par des symptômes sur les parties herbacées de la plante (feuilles, baies) (Lecomte et al. 2012). Bien qu'aucun cépage de vigne ne soit à ce jour identifié comme totalement résistant aux pathogènes fongiques vasculaires communément rencontrés chez cette espèce, des études montrent que l'incidence des maladies associées varie significativement d'un cépage de vigne à l'autre au vignoble (Bruez et al. 2013; Murolo & Romanazzi 2014). Des notations de symptômes sur de larges gammes de cépages réalisées dans un même environnement (i.e. un même vignoble) permettraient de mieux caractériser la sensibilité des cépages de vigne à ces maladies. Le dispositif VitAdapt  de INRAE Bordeaux, avec 52 cépages et 5 répétitions de 10 ceps par cépage (Destrac et al., 2016 ; https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/egfv/Ressources/Dispositifsexperimentaux/Parcelle-VITADAPT), est particulièrement adapté pour étudier dans la durée les différences de comportement d’un grand nombre de cépages sur leur sensibilité à divers facteurs biotiques et abiotiques.

 

Sujet du stage :

L’objectif de ce stage sera de quantifier, au sein du dispositif VitAdapt, la présence de champignons pathogènes et de nécroses dans le bois de ceps de vigne de différents cépages pour lesquels nous avons observé des symptômes foliaires de maladie du bois (Esca) par le passé ces quatre dernières années. A terme, une description de la sensibilité aux maladies du bois de ces cépages sera proposée grâce à l’analyse de la base de données incluant la notation pluriannuelle de symptômes foliaires d’Esca et à la description des communautés fongiques du bois de ces cépages.

 

Le travail de stage consistera à (1) analyser la base de données déjà collectées afin de comparer l’expression des symptômes foliaires d’Esca entre années et entre cépages au sein du dispositif, (2) caractériser la présence de nécroses dans le bois (coupes longitudinales de ceps prélevés au vignoble et analyses d’images), (2) identifier et quantifier la communauté de champignons présents dans le bois grâce à des techniques de microbiologie (dénombrement des colonies et identification en boite de petri) et de biologie moléculaire (PCR quantitative ; Pouzoulet et al. (2013,2017)).

 

Profil recherché :

Connaissance et intérêt en agronomie/pathologie végétale/biologie moléculaire.

Sérieux et rigueur dans la conduite des expérimentations.

Période : 

Janvier/Février à Juin/Juillet 2021 (6 mois)

Lieu du stage :

INRAE, UMR 1065 Santé et Agroécologie du vignoble (SAVE) 71 avenue Edouard Bourlaux, 33882 Villenave d’Ornon

Encadrante :

Chloé Delmas, chargée de recherche INRAE, en collaboration avec l’UMR EGFV responsable du dispositif VitAdapt.

 

Pour postuler : 

Envoyer CV et lettre de motivation à chloe.delmas@inrae.fr

 

 

 

 

 

Références bibliographiques

 

Destrac-Irvine A. and van Leeuwen C., 2016. VitAdapt : an experimental program to study the behavior of a wide range of Vitis vinifera varieties in a context of climate change in the Bordeaux vineyards. Climwine, sustainable grape and wine production in the context of climate change, 11-13 April 2016, Bordeaux. Poster. Full text proceedings paper, 165-171.

Bertsch, C., Ramírez-Suero, M., Magnin-Robert, M., Larignon, P., Chong, J., Abou-Mansour, E., Spagnolo, A., Clément, C. and Fontaine, F., 2013. Grapevine trunk diseases: complex and still poorly understood. Plant Pathology, 62(2), pp.243-265.

Bruez, E., Lecomte, P., Grosman, J., Doublet, B., Bertsch, C., Fontaine, F., Ugaglia, A., Teissedre, P.L., Da Costa, J.P., Guerin-Dubrana, L. and Rey, P., 2013. Overview of grapevine trunk diseases in France in the 2000s. Phytopathologia Mediterranea, pp.262-275. 

Lecomte, P., Darrieutort, G., Liminana, J. M., Comont, G., Muruamendiaraz, A., Legorburu, F. J., ... & Fermaud, M. (2012). New insights into esca of grapevine: the development of foliar symptoms and their association with xylem discoloration. Plant Disease, 96(7), 924-934.  

Murolo, S. and Romanazzi, G., 2014. Effects of grapevine cultivar, rootstock and clone on esca disease. Australasian Plant Pathology, 43(2), pp.215-221.

Pouzoulet, J., Mailhac, N., Couderc, C., Besson, X., Daydé, J., Lummerzheim, M. and Jacques, A., 2013. A method to detect and quantify Phaeomoniella chlamydospora and Phaeoacremonium aleophilum DNA in grapevine-wood samples. Applied microbiology and biotechnology, 97(23), pp.10163-10175.

Pouzoulet, J., Scudiero, E., Schiavon, M. and Rolshausen, P.E., 2017. Xylem Vessel Diameter Affects the Compartmentalization of the Vascular Pathogen Phaeomoniella chlamydospora in Grapevine. Frontiers in plant science, 8, p.1442.

Date de modification : 30 janvier 2024 | Date de création : 30 novembre 2020 | Rédaction : CP