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Le projet

Les bioindicateurs microbiens de variables d’intérêt agronomique associées à la vigne

• co-encadrement : François Delmotte (DU UMR SAVE et coordinateur VITAE) et Corinne VACHER (UMR BioGECO, coordinatrice WP1 de VITAE)
• financement : Fondation Bordeaux Université / Groupe Moët-Hennessy
• période: 2022-2023

Le microbiote associé aux sols et plantes cultivées joue un rôle important dans la santé et la productivité des agro-écosystèmes, et notamment des vignobles. En effet, de très nombreux micro-organismes se développent sur les différentes parties du pied de vigne (baies, feuilles, racines) et vont influencer le développement du raisin. Ces microbiotes sont des compartiments complexes aux équilibres minces : les micro-organismes vont jouer des rôles fonctionnels variés (pathogène ou bénéfique) ; ils peuvent être plus ou moins associés à la plante, plus ou moins spécifique de la vigne ou de cépage particulier mais ils peuvent aussi évoluer au cours du temps (à l’échelle d’une saison ou dans un contexte d’évolution des conditions au cours des années).

L’objectif du projet est de caractériser le microbiote associés aux écosystèmes viticoles à forte résilience, c’est-à-dire qui produisent une importante quantité de raisins (fort rendement), de bonne qualité et de manière constante au fil des saisons ; et d’identifier des bioindicateurs microbiens de ces vignobles à fort potentiel agronomique. Pour y parvenir, des approches complémentaires de métabarcoding, d’analyse différentielle d’abondance et d’algorithmes d’apprentissage supervisé seront mises en place. Les résultats obtenus pourront contribuer aux futurs programme de biosurveillance et de biocontrôle au vignoble.

Ce projet est étroitement lié au projet ANR VITAE (2020-26) qui a pour but de cultiver la vigne sans pesticides en intégrant de multiples leviers de gestion, y compris le biocontrôle microbien des maladies (WP1).

Formation et expérience

• 2021 : Post-Doctorat à l’Université de Montpellier, UMR QualiSud, supervisé par S. SCHORR- GALINDO

Compréhension des mécanismes impliqués dans les actions antagonistes de levures sur Penicillium expansum dans la pomme.

• 2017 - 2020 : Thèse à l’Université de Montpellier, UMR QualiSud, supervisé par S. SCHORR- GALINDO

Décryptage des mécanismes biologiques impliqués dans le biocontrôle des champignons mycotoxinogènes des céréales.

• 2017 : Ingénieur Recherche & Développement, Centre Mondial de l’Innovation Roullier à Saint-Malo

Suivi de la dynamique des populations bactériennes de la rhizosphère au cours du développement du blé.

Publications significatives

• Biocontrol agents : toolbox for the screening of weapons against mycotoxigenic Fusarium / L. Pellan, C.A.T. Dieye, N. Durand, A. Fontana, C. Strub, S. Schorr-Galindo - Journal of Fungi 7 (06), 446

• Biocontrol Agents Reduce Progression and Mycotoxin Production of Fusarium graminearum in Spikelets and Straws of Wheat / L. Pellan, C.A.T. Dieye, N. Durand, A. Fontana, S. Schorr-Galindo, C. Strub -Toxins 13 (9), 597

• Commercial biocontrol agents reveal contrasting comportments against two mycotoxigenic fungi in cereals: Fusarium Graminearum and Fusarium Verticillioides / L. Pellan, N. Durand, V. Martinez, A. Fontana, S. Schorr-Galindo, C. Strub -Toxins 12 (3), 152