ORCID / Research Gate / Google Scholar / HAL

paola.fournier@inrae.fr

1 – THEMATIQUES DE RECHERCHE

• Rôle du microbiote dans la santé des plantes
• Bioindicateurs microbiens de la santé des plantes
• Analyse statistique et modélisation de données de metabarcoding

Mes recherches visent à identifier des bioindicateurs microbiens de la santé des vignes. Dans le cadre de mon post-doc, financé par PLEIADE et la Fondation Bordeaux Université, je m’appuie sur des données de microbiote de la vigne collectées dans plusieurs projets menés par l’UMR SAVE, afin de concevoir des outils de diagnostic permettant de caractériser l’état de santé d’une plante en fonction de son microbiome. Ces jeux de données ont pour point commun de décrire le microbiome de vignes malades et saines, sensibles ou moins sensibles à des maladies, ou bien plus ou moins productives. J’applique des méthodes d’analyse traditionnelles qui traitent chaque taxon microbien séparément (comme les analyses d’abondance différentielle), ainsi que des techniques d’apprentissage automatique supervisé, telles que les forêts aléatoires (Random Forest) et des approches de réduction de dimension, comme la factorisation positive de matrice (NMF, pour non-negative factorisation), pour identifier des groupes de taxons liés à des variables d’intérêt.

2 - EXPERIENCES PROFESSIONNELLES

• Depuis Janvier 2025 : Post-doctorante au sein des équipes Microbiote (SAVE, INRAE) et Pleiade (INRIA, Université de Bordeaux) pour une durée de 20 mois.
• Octobre 2021 – décembre 2024 : Doctorante dans l’équipe Microbiote à SAVE  (INRAE)

3. DIPLOMES

• 2024 : Doctorat en écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés - Université de Bordeaux, sous la direction de Patrice This (UMR AGAP, INRAE) et Corinne Vacher (UMR SAVE, INRAE). Intitulé : "Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou". Le but était d’identifier, à partir de données de metabarcoding, des bactéries et champignons naturellement présents dans les vignes et les sols viticoles, capables d’interférer avec le cycle de vie de Plasmopara viticola. Thèse soutenue le 2 décembre 2024.
• 2021 : Master Biodiversité Ecologie Evolution, Parcours modélisation en écologie, Université de Rennes.